Основними завданнями відділу є:
- виконання комплексу заходів, що спрямовані на охорону території Черкаської області від занесення та інтродукції регульованих шкідливих організмів;
- визначення фітосанітарного стану об’єктів регулювання, що імпортуються, експортуються, реекспортуються, перевозяться в межах України;
- проведення огляду, відбору зразків, обстеження об’єктів регулювання, разом з державними фітосанітарними інспекторами;
- проведення відбору зразків разом з державними фітосанітарними інспекторами від імпортних та вітчизняних об’єктів регулювання;
- участь у проведенні аналізу ризику шкідливості та визначення карантинного значення виявлених організмів, розробка та надання рекомендацій по здійсненню заходів, спрямованих на їх локалізацію та ліквідацію;
- надання фахових консультацій з питань карантину та захисту рослин;
- участь у розробці методики проведення огляду, обстеження об’єктів регулювання;
- разом з фітосанітарними інспекторами здійснення обстежень місць збереження та переробки продукції рослинного походження щодо зараженості шкідливими організмами, надання рекомендацій з їх знезараження, а також із проведення профілактики та винищувальних заходів у сільгосппідприємствах, фермерський та інших господарствах незалежно від форм власності;
- проведення відбору зразків для аналітичних досліджень сільськогосподарської продукції та матеріалів рослинного походження з метою визначення в них вмісту пестицидів, агрохімікатів, важких металів, мікотоксинів, нітрозамінів, гормонів, антибіотиків, гістаміну, фостоксину, разом з фітосанітарними інспекторами;
- разом з фітосанітарними інспекторами проведення відбору зразків ґрунту, поверхневих вод, призначених для сільськогосподарських потреб, з метою визначення в них залишкових кількостей пестицидів;
- разом з фітосанітарними інспекторами проведення відбору зразків для визначення якості вітчизняних і імпортних пестицидів та засобів захисту рослин в місцях їх зберігання та торгівлі, якості протруєного посівного матеріалу, приготованих робочих розчинів пестицидів та засобів захисту рослин під час їх застосування;
- забезпечення проведення візуальних польових обстежень у місцях та населених пунктах, сільськогосподарських угіддях, багаторічних насадженнях, землях відчуження, пасовищах тощо на виявлення шкідливих організмів з відбором зразків;
- проведення огляду, відбору зразків разом з державними фітосанітарними інспекторами, від імпортних та вітчизняних об’єктів регулювання, для проведення фітосанітарної експертизи.